Luna Runtun получил свое имя из-за стратегического местоположения, над долиной, расположенной внизу. По своему местоположению курорт напоминает положение крепости Мачу Пикчу, что в Перу. На языке индейцев кечуа Runtun означает “fortress”

В начале 1500-х годов император инков Huayna Capac часто посещал лагуну Santa Rosa de Runtun, которая с тех пор высохла. На берегах лагуны он организовывал оргии с участием самых красивых и желанных женщин. Император полюбил эту местность из-за неповторимой красоты здешней природы, а также по причине лечебных свойств здешних термальных источников. Инки называли термальные воды «мочой Tungurahua».

В 1596 году в Баньос явилась Дева Святой Воды. Ее явление считается чудом и тысячи верующих посещают это святое место каждый год. Многие из них экономят средства из года в год, чтобы купить подарок святой – нарядное платье или украшение, в благодарность за творимые ею чудеса. Священники меняют платья и украшения на статуе каждый год. Население почитает Деву защитницей Баньос. Базилика, расположенная на центральной площади города – изощренное готическое строение из вулканического камня.

В 1914 году Баньос был поделен на 9 гасиенд: Валенсия, Вискайя, Пунтцан, Ульба, Агойян, Сан-Винсенте, Иллючи, Джуиве и Рунтун, который в ту пору находился во владении дона Анжело Луна, деда настоящей владелицы Кармен Луна де Куррат.

17 апреля 1994 года швейцарский отелье Оливье К. Куррат и Кармен открыли Luna Runtun.